CO2培养箱的隔热采用水套式和气套式两种类型。气套式采用隔热系统和表面散热元件使培养箱内温度均衡，但是因为外部电热系统分布不均衡可导致培养箱内上下温度不一至，温差相对较大。水套式需要用户在安装培养箱时培养箱壁的空间内灌入大量蒸馏水。由于水的比热容很高，水套式的优点是有助于均匀散热和避免形成冷区，以及在断电后能够比较好的减缓培养箱内温度的降低。水套式因4周环水，所以温度均匀性很好。新型的CO2培养箱大多采用水套式。